青年团二大闭幕不久，1953年10月，中共中央又发出《关于加强党对青年团的领导给各级党委的指示》。文件根据毛泽东在接见青年团二大主席团时的谈话精神，明确阐述了团的独立活动的含义，并要求各级党委加强对青年团工作的领导，并在工作中要特别注意掌握以下几点：
（1）领导青年团要照顾青年的特点，按毛泽东提出的“三好”方向进行工作。
（2）要在党的统一领导下建立团的独立活动和加强团的系统领导。
（3）要注意加强团的组织建设，加强党对团的思想政治领导，使团充分发挥作为党的后备军的作用，源源不断地向党和国家输送干部。
（4）各级党委应指定一个党委委员，与同级团委保持经常联系，党委要定期检查和讨论团的工作。
共产党、青年团、青年三者之间的关系问题，是我国青年运动的核心问题。青年团二大的召开、毛泽东接见大会主席团的谈话和党中央关于加强党对团的领导的指示，确定了青年团“围绕党的中心，按照青年特点开展独立活动”的方针，科学地解决了三者之间的关系问题，丰富了马克思主义关于青年运动和青年团建设的理论，为活跃青年团工作提供了重要的保证。
